Noncoding Transcripts from Imprinted Gene

H19

11p15 上にあり5 エクソンで2.3kb。母性染色体からのみから発現。insulin-like growth factor 2 (IGF2) 遺伝子のco-regulatorと考えられ、胚時期に発現が多く見られる。短い長さが哺乳類間で保存性されている。

H19 (PDF)

癌細胞の増殖を押さえる遺伝子で、文献[11] では2.3kb のcDNA(GenBank にある配列は3,489b と40,588b)。 ヒトでは11p15.5 上に位置し、隣にあるIGF2 遺伝子ともにimprinting されている。細胞増殖の実験から、初 めの710b(KpnI) を切り取っても癌細胞の増殖を押さえたが、5’ から854b(XhoI) を取り除くと癌細胞が増 殖した。また、5’ 側180b と3’ 側154b(EagI) を切り取っても癌細胞の増殖が見られた。哺乳類から比較(ヒ ト、マウス、ラット、ウサギ) により、600b∼630b(region A)、1540b∼1570b(region B)、2460b∼2480b(region C) の領域で保存が見られた。ヒトとネコを除いて長いORF は見つからない。X2s を用いて2 次構造の予 測を行い、その結果をFigure 5 に示している。これを図1 に示した。RNAz では、509∼784b、882∼1218b、 1219∼1454b、1778∼2162b の範囲でRNAと予測された。GenBank にある3,489b の配列は(830 ∼ 2157, 2254 ∼ 2388, 2479 ∼ 2591, 2673 ∼ 2799, 2880 ∼ 3489) の領域でErdmann のDB にあったHs H19 c とアライメント された。GenBank のfeature 情報のmisc RNA とほぼ一致している(最後の境界が∼ 2795, 2876 ∼ 3489)。

LIT1

KvLQT1 (kidney and cardiac voltage dependent K+ channel)遺伝子のイントロン。