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Education

• Ph.D., Knowledge Science, Japan Advanced Institute of Science and Technology (JAIST), 2003.
• M.S., Knowledge Science, Japan Advanced Institute of Science and Technology (JAIST), 2000.
• B.S., Electronics and Information Engineering, Kyoto Institute of Technology (KIT), 1996.

学歴

• 2003 北陸先端科学技術大学院大学 知識科学研究科 博士(知識科学)
• 2000 北陸先端科学技術大学院大学 知識科学研究科 修士(知識科学)
• 1996 京都工芸繊維大学 電子情報工学科 学士

Research Interest

My research interest lies in the area of computational biology and is holding its axis on information science including mathematical models e.g.hidden Markov model and stochastic context-free grammar which can be shown in my paper "Marginalized Kernels for RNA Sequence Data Analysis" (PDF).
Since 2005, I have been involved in the functional RNA project, which is funded by a Japanese governmental funding source, as a researcher assigned to development of functional RNA databases and genome-wide ncRNA finding.

Projects

• 2005.10-2010.2 Functional RNA Project (NEDO)

Lecture

• 2009
• 慶應義塾大学医学部 「配列情報解析の方法とバイオデータベースの概要」
• 東京医科歯科大学 生命情報科学教育部 プロテオーム情報学特論 「DNA/RNAの配列情報解析」
• 東京工業大学大学院生命理工学研究科分子生命科学専攻 「DNA/RNAの配列情報解析」
  

Honors and Awards

• 2002 Genome Informatics Workshop (GIW2002, Tokyo)にてBest Paper Award受賞: Marginalized kernels for RNA sequence data analysis (PDF)

Professional Experience

• 1996 移動体通信系SEとして就業
• 2001 独立行政法人 産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター 特別研究員
• 2004 東京大学大学院 新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻 COE(言語から読み解くゲノムと生命システム)特任助手
• 2005 独立行政法人 産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター 研究員(数理モデルチーム)
• 同年 機能性RNAプロジェクト バイオインフォマティクスグループ登録研究員として参加
• 2007 独立行政法人 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター 発足に伴い、RNA情報工学チーム チーム長を拝命
  

Publications

Other Publications

• 光山統泰 「クローズアップ実験法：ゲノムブラウザーを用いたsmall RNAアノテーション」 実験医学 26(19):3071-3078, 2008.
  
• 金 大真、浅井 潔 「機能性RNAデータベース」 実験医学（増刊） 26(7):1080-1086, 2008.
  
• 金 大真 「機能性RNAの網羅的 in silico 予測」 ゲノム医学 6(2):97-100, 2006.
• Edited by Bernhard Schölkopf, Koji Tsuda and Jean-Philippe Vert, Kernel Methods in Computational Biology, August 2004 ISBN 0-262-19509-7, Protein Classification via Kernel Matrix Completion Taishin Kin, Tsuyoshi Kato and Koji Tsuda.
• T. Kin, Designing Kernels for Biological Sequence Data Analysis, doctoral thesis, 2003. (PDF)
• T. Kin, K. Tsuda and K. Asai, Marginalized Kernels for RNA Sequence Data Analysis, Proc. Genome Informatics, 2002, pp.112-22.
• T. Kin, K. Tsuda and K. Asai, Computation and an application of marginalized kernels for biological sequence data, CBRC Technical Report, AIST02-J00001-1, Oct. 1, 2002. (ps.gz, PDF)
• K.Tsuda, T.Kin and K.Asai, Marginalized Kernels for Biological Sequences, Bioinformatics. 2002 Jul;18 Suppl 1:S268-75. (ps.gz, PDF)