FR407485
- Summary
- Sequence
- Secondary Structure
| OMIM | ||
|---|---|---|
| ID | Title | Locus |
| 603044 | PLEOMORPHIC ADENOMA GENE-LIKE 1; PLAGL1 ZAC TUMOR SUPPRESSOR GENE; ZAC
ZAC1
LOST ON TRANSFORMATION 1; LOT1 |
6q24(chr6:139100001-149100000) |
| MicroArray / Affymetrix GeneChip Exon Array / hg18 | ||
|---|---|---|
| Probe | Transcript Cluster | Probe Locus |
| 3131043 | 2977621  |
chr6:144306866-144306890(-) |
| Reference | |
|---|---|
|
The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts.
Genome Information Integration Project And H-Invitational 2 .,Yamasaki C.,Murakami K.,Fujii Y.,Sato Y.,Harada E.,Takeda J.,Taniya T.,Sakate R.,Kikugawa S.,Shimada M.,Tanino M.,Koyanagi KO.,Barrero RA.,Gough C.,Chun HW.,Habara T.,Hanaoka H.,Hayakawa Y.,Hilton PB.,Kaneko Y.,Kanno M.,Kawahara Y.,Kawamura T.,Matsuya A.,Nagata N.,Nishikata K.,Noda AO.,Nurimoto S.,Saichi N.,Sakai H.,Sanbonmatsu R.,Shiba R.,Suzuki M.,Takabayashi K.,Takahashi A.,Tamura T.,Tanaka M.,Tanaka S.,Todokoro F.,Yamaguchi K.,Yamamoto N.,Okido T.,Mashima J.,Hashizume A.,Jin L.,Lee KB.,Lin YC.,Nozaki A.,Sakai K.,Tada M.,Miyazaki S.,Makino T.,Ohyanagi H.,Osato N.,Tanaka N.,Suzuki Y.,Ikeo K.,Saitou N.,Sugawara H.,O'Donovan C.,Kulikova T.,Whitfield E.,Halligan B.,Shimoyama M.,Twigger S.,Yura K.,Kimura K.,Yasuda T.,Nishikawa T.,Akiyama Y.,Motono C.,Mukai Y.,Nagasaki H.,Suwa M.,Horton P.,Kikuno R.,Ohara O.,Lancet D.,Eveno E.,Graudens E.,Imbeaud S.,Debily MA.,Hayashizaki Y.,Amid C.,Han M.,Osanger A.,Endo T.,Thomas MA.,Hirakawa M.,Makalowski W.,Nakao M.,Kim NS.,Yoo HS.,De Souza SJ.,Bonaldo Mde F.,Niimura Y.,Kuryshev V.,Schupp I.,Wiemann S.,Bellgard M.,Shionyu M.,Jia L.,Thierry-Mieg D.,Thierry-Mieg J.,Wagner L.,Zhang Q.,Go M.,Minoshima S.,Ohtsubo M.,Hanada K.,Tonellato P.,Isogai T.,Zhang J.,Lenhard B.,Kim S.,Chen Z.,Hinz U.,Estreicher A.,Nakai K.,Makalowska I.,Hide W.,Tiffin N.,Wilming L.,Chakraborty R.,Soares MB.,Chiusano ML.,Suzuki Y.,Auffray C.,Yamaguchi-Kabata Y.,Itoh T.,Hishiki T.,Fukuchi S.,Nishikawa K.,Sugano S.,Nomura N.,Tateno Y.,Imanishi T. and Gojobori T. Nucleic Acids Res 36 (Database issue), D793-9 (2008)
Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones.
Imanishi T.,Itoh T.,Suzuki Y.,O'Donovan C.,Fukuchi S.,Koyanagi KO.,Barrero RA.,Tamura T.,Yamaguchi-Kabata Y.,Tanino M.,Yura K.,Miyazaki S.,Ikeo K.,Homma K.,Kasprzyk A.,Nishikawa T.,Hirakawa M.,Thierry-Mieg J.,Thierry-Mieg D.,Ashurst J.,Jia L.,Nakao M.,Thomas MA.,Mulder N.,Karavidopoulou Y.,Jin L.,Kim S.,Yasuda T.,Lenhard B.,Eveno E.,Suzuki Y.,Yamasaki C.,Takeda J.,Gough C.,Hilton P.,Fujii Y.,Sakai H.,Tanaka S.,Amid C.,Bellgard M.,Bonaldo Mde F.,Bono H.,Bromberg SK.,Brookes AJ.,Bruford E.,Carninci P.,Chelala C.,Couillault C.,de Souza SJ.,Debily MA.,Devignes MD.,Dubchak I.,Endo T.,Estreicher A.,Eyras E.,Fukami-Kobayashi K.,Gopinath GR.,Graudens E.,Hahn Y.,Han M.,Han ZG.,Hanada K.,Hanaoka H.,Harada E.,Hashimoto K.,Hinz U.,Hirai M.,Hishiki T.,Hopkinson I.,Imbeaud S.,Inoko H.,Kanapin A.,Kaneko Y.,Kasukawa T.,Kelso J.,Kersey P.,Kikuno R.,Kimura K.,Korn B.,Kuryshev V.,Makalowska I.,Makino T.,Mano S.,Mariage-Samson R.,Mashima J.,Matsuda H.,Mewes HW.,Minoshima S.,Nagai K.,Nagasaki H.,Nagata N.,Nigam R.,Ogasawara O.,Ohara O.,Ohtsubo M.,Okada N.,Okido T.,Oota S.,Ota M.,Ota T.,Otsuki T.,Piatier-Tonneau D.,Poustka A.,Ren SX.,Saitou N.,Sakai K.,Sakamoto S.,Sakate R.,Schupp I.,Servant F.,Sherry S.,Shiba R.,Shimizu N.,Shimoyama M.,Simpson AJ.,Soares B.,Steward C.,Suwa M.,Suzuki M.,Takahashi A.,Tamiya G.,Tanaka H.,Taylor T.,Terwilliger JD.,Unneberg P.,Veeramachaneni V.,Watanabe S.,Wilming L.,Yasuda N.,Yoo HS.,Stodolsky M.,Makalowski W.,Go M.,Nakai K.,Takagi T.,Kanehisa M.,Sakaki Y.,Quackenbush J.,Okazaki Y.,Hayashizaki Y.,Hide W.,Chakraborty R.,Nishikawa K.,Sugawara H.,Tateno Y.,Chen Z.,Oishi M.,Tonellato P.,Apweiler R.,Okubo K.,Wagner L.,Wiemann S.,Strausberg RL.,Isogai T.,Auffray C.,Nomura N.,Gojobori T. and Sugano S. PLoS Biol 2 (6), e162 (2004) | |
The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts.
Genome Information Integration Project And H-Invitational 2 .,Yamasaki C.,Murakami K.,Fujii Y.,Sato Y.,Harada E.,Takeda J.,Taniya T.,Sakate R.,Kikugawa S.,Shimada M.,Tanino M.,Koyanagi KO.,Barrero RA.,Gough C.,Chun HW.,Habara T.,Hanaoka H.,Hayakawa Y.,Hilton PB.,Kaneko Y.,Kanno M.,Kawahara Y.,Kawamura T.,Matsuya A.,Nagata N.,Nishikata K.,Noda AO.,Nurimoto S.,Saichi N.,Sakai H.,Sanbonmatsu R.,Shiba R.,Suzuki M.,Takabayashi K.,Takahashi A.,Tamura T.,Tanaka M.,Tanaka S.,Todokoro F.,Yamaguchi K.,Yamamoto N.,Okido T.,Mashima J.,Hashizume A.,Jin L.,Lee KB.,Lin YC.,Nozaki A.,Sakai K.,Tada M.,Miyazaki S.,Makino T.,Ohyanagi H.,Osato N.,Tanaka N.,Suzuki Y.,Ikeo K.,Saitou N.,Sugawara H.,O'Donovan C.,Kulikova T.,Whitfield E.,Halligan B.,Shimoyama M.,Twigger S.,Yura K.,Kimura K.,Yasuda T.,Nishikawa T.,Akiyama Y.,Motono C.,Mukai Y.,Nagasaki H.,Suwa M.,Horton P.,Kikuno R.,Ohara O.,Lancet D.,Eveno E.,Graudens E.,Imbeaud S.,Debily MA.,Hayashizaki Y.,Amid C.,Han M.,Osanger A.,Endo T.,Thomas MA.,Hirakawa M.,Makalowski W.,Nakao M.,Kim NS.,Yoo HS.,De Souza SJ.,Bonaldo Mde F.,Niimura Y.,Kuryshev V.,Schupp I.,Wiemann S.,Bellgard M.,Shionyu M.,Jia L.,Thierry-Mieg D.,Thierry-Mieg J.,Wagner L.,Zhang Q.,Go M.,Minoshima S.,Ohtsubo M.,Hanada K.,Tonellato P.,Isogai T.,Zhang J.,Lenhard B.,Kim S.,Chen Z.,Hinz U.,Estreicher A.,Nakai K.,Makalowska I.,Hide W.,Tiffin N.,Wilming L.,Chakraborty R.,Soares MB.,Chiusano ML.,Suzuki Y.,Auffray C.,Yamaguchi-Kabata Y.,Itoh T.,Hishiki T.,Fukuchi S.,Nishikawa K.,Sugano S.,Nomura N.,Tateno Y.,Imanishi T. and Gojobori T.
Nucleic Acids Res 36 (Database issue), D793-9 (2008)
Genome Information Integration Project And H-Invitational 2 .,Yamasaki C.,Murakami K.,Fujii Y.,Sato Y.,Harada E.,Takeda J.,Taniya T.,Sakate R.,Kikugawa S.,Shimada M.,Tanino M.,Koyanagi KO.,Barrero RA.,Gough C.,Chun HW.,Habara T.,Hanaoka H.,Hayakawa Y.,Hilton PB.,Kaneko Y.,Kanno M.,Kawahara Y.,Kawamura T.,Matsuya A.,Nagata N.,Nishikata K.,Noda AO.,Nurimoto S.,Saichi N.,Sakai H.,Sanbonmatsu R.,Shiba R.,Suzuki M.,Takabayashi K.,Takahashi A.,Tamura T.,Tanaka M.,Tanaka S.,Todokoro F.,Yamaguchi K.,Yamamoto N.,Okido T.,Mashima J.,Hashizume A.,Jin L.,Lee KB.,Lin YC.,Nozaki A.,Sakai K.,Tada M.,Miyazaki S.,Makino T.,Ohyanagi H.,Osato N.,Tanaka N.,Suzuki Y.,Ikeo K.,Saitou N.,Sugawara H.,O'Donovan C.,Kulikova T.,Whitfield E.,Halligan B.,Shimoyama M.,Twigger S.,Yura K.,Kimura K.,Yasuda T.,Nishikawa T.,Akiyama Y.,Motono C.,Mukai Y.,Nagasaki H.,Suwa M.,Horton P.,Kikuno R.,Ohara O.,Lancet D.,Eveno E.,Graudens E.,Imbeaud S.,Debily MA.,Hayashizaki Y.,Amid C.,Han M.,Osanger A.,Endo T.,Thomas MA.,Hirakawa M.,Makalowski W.,Nakao M.,Kim NS.,Yoo HS.,De Souza SJ.,Bonaldo Mde F.,Niimura Y.,Kuryshev V.,Schupp I.,Wiemann S.,Bellgard M.,Shionyu M.,Jia L.,Thierry-Mieg D.,Thierry-Mieg J.,Wagner L.,Zhang Q.,Go M.,Minoshima S.,Ohtsubo M.,Hanada K.,Tonellato P.,Isogai T.,Zhang J.,Lenhard B.,Kim S.,Chen Z.,Hinz U.,Estreicher A.,Nakai K.,Makalowska I.,Hide W.,Tiffin N.,Wilming L.,Chakraborty R.,Soares MB.,Chiusano ML.,Suzuki Y.,Auffray C.,Yamaguchi-Kabata Y.,Itoh T.,Hishiki T.,Fukuchi S.,Nishikawa K.,Sugano S.,Nomura N.,Tateno Y.,Imanishi T. and Gojobori T.
Nucleic Acids Res 36 (Database issue), D793-9 (2008)
Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones.
Imanishi T.,Itoh T.,Suzuki Y.,O'Donovan C.,Fukuchi S.,Koyanagi KO.,Barrero RA.,Tamura T.,Yamaguchi-Kabata Y.,Tanino M.,Yura K.,Miyazaki S.,Ikeo K.,Homma K.,Kasprzyk A.,Nishikawa T.,Hirakawa M.,Thierry-Mieg J.,Thierry-Mieg D.,Ashurst J.,Jia L.,Nakao M.,Thomas MA.,Mulder N.,Karavidopoulou Y.,Jin L.,Kim S.,Yasuda T.,Lenhard B.,Eveno E.,Suzuki Y.,Yamasaki C.,Takeda J.,Gough C.,Hilton P.,Fujii Y.,Sakai H.,Tanaka S.,Amid C.,Bellgard M.,Bonaldo Mde F.,Bono H.,Bromberg SK.,Brookes AJ.,Bruford E.,Carninci P.,Chelala C.,Couillault C.,de Souza SJ.,Debily MA.,Devignes MD.,Dubchak I.,Endo T.,Estreicher A.,Eyras E.,Fukami-Kobayashi K.,Gopinath GR.,Graudens E.,Hahn Y.,Han M.,Han ZG.,Hanada K.,Hanaoka H.,Harada E.,Hashimoto K.,Hinz U.,Hirai M.,Hishiki T.,Hopkinson I.,Imbeaud S.,Inoko H.,Kanapin A.,Kaneko Y.,Kasukawa T.,Kelso J.,Kersey P.,Kikuno R.,Kimura K.,Korn B.,Kuryshev V.,Makalowska I.,Makino T.,Mano S.,Mariage-Samson R.,Mashima J.,Matsuda H.,Mewes HW.,Minoshima S.,Nagai K.,Nagasaki H.,Nagata N.,Nigam R.,Ogasawara O.,Ohara O.,Ohtsubo M.,Okada N.,Okido T.,Oota S.,Ota M.,Ota T.,Otsuki T.,Piatier-Tonneau D.,Poustka A.,Ren SX.,Saitou N.,Sakai K.,Sakamoto S.,Sakate R.,Schupp I.,Servant F.,Sherry S.,Shiba R.,Shimizu N.,Shimoyama M.,Simpson AJ.,Soares B.,Steward C.,Suwa M.,Suzuki M.,Takahashi A.,Tamiya G.,Tanaka H.,Taylor T.,Terwilliger JD.,Unneberg P.,Veeramachaneni V.,Watanabe S.,Wilming L.,Yasuda N.,Yoo HS.,Stodolsky M.,Makalowski W.,Go M.,Nakai K.,Takagi T.,Kanehisa M.,Sakaki Y.,Quackenbush J.,Okazaki Y.,Hayashizaki Y.,Hide W.,Chakraborty R.,Nishikawa K.,Sugawara H.,Tateno Y.,Chen Z.,Oishi M.,Tonellato P.,Apweiler R.,Okubo K.,Wagner L.,Wiemann S.,Strausberg RL.,Isogai T.,Auffray C.,Nomura N.,Gojobori T. and Sugano S.
PLoS Biol 2 (6), e162 (2004)
Imanishi T.,Itoh T.,Suzuki Y.,O'Donovan C.,Fukuchi S.,Koyanagi KO.,Barrero RA.,Tamura T.,Yamaguchi-Kabata Y.,Tanino M.,Yura K.,Miyazaki S.,Ikeo K.,Homma K.,Kasprzyk A.,Nishikawa T.,Hirakawa M.,Thierry-Mieg J.,Thierry-Mieg D.,Ashurst J.,Jia L.,Nakao M.,Thomas MA.,Mulder N.,Karavidopoulou Y.,Jin L.,Kim S.,Yasuda T.,Lenhard B.,Eveno E.,Suzuki Y.,Yamasaki C.,Takeda J.,Gough C.,Hilton P.,Fujii Y.,Sakai H.,Tanaka S.,Amid C.,Bellgard M.,Bonaldo Mde F.,Bono H.,Bromberg SK.,Brookes AJ.,Bruford E.,Carninci P.,Chelala C.,Couillault C.,de Souza SJ.,Debily MA.,Devignes MD.,Dubchak I.,Endo T.,Estreicher A.,Eyras E.,Fukami-Kobayashi K.,Gopinath GR.,Graudens E.,Hahn Y.,Han M.,Han ZG.,Hanada K.,Hanaoka H.,Harada E.,Hashimoto K.,Hinz U.,Hirai M.,Hishiki T.,Hopkinson I.,Imbeaud S.,Inoko H.,Kanapin A.,Kaneko Y.,Kasukawa T.,Kelso J.,Kersey P.,Kikuno R.,Kimura K.,Korn B.,Kuryshev V.,Makalowska I.,Makino T.,Mano S.,Mariage-Samson R.,Mashima J.,Matsuda H.,Mewes HW.,Minoshima S.,Nagai K.,Nagasaki H.,Nagata N.,Nigam R.,Ogasawara O.,Ohara O.,Ohtsubo M.,Okada N.,Okido T.,Oota S.,Ota M.,Ota T.,Otsuki T.,Piatier-Tonneau D.,Poustka A.,Ren SX.,Saitou N.,Sakai K.,Sakamoto S.,Sakate R.,Schupp I.,Servant F.,Sherry S.,Shiba R.,Shimizu N.,Shimoyama M.,Simpson AJ.,Soares B.,Steward C.,Suwa M.,Suzuki M.,Takahashi A.,Tamiya G.,Tanaka H.,Taylor T.,Terwilliger JD.,Unneberg P.,Veeramachaneni V.,Watanabe S.,Wilming L.,Yasuda N.,Yoo HS.,Stodolsky M.,Makalowski W.,Go M.,Nakai K.,Takagi T.,Kanehisa M.,Sakaki Y.,Quackenbush J.,Okazaki Y.,Hayashizaki Y.,Hide W.,Chakraborty R.,Nishikawa K.,Sugawara H.,Tateno Y.,Chen Z.,Oishi M.,Tonellato P.,Apweiler R.,Okubo K.,Wagner L.,Wiemann S.,Strausberg RL.,Isogai T.,Auffray C.,Nomura N.,Gojobori T. and Sugano S.
PLoS Biol 2 (6), e162 (2004)
>FR407485|EF100444|non-protein coding (noncoding) transcript|ncRNA|HIT000394859 H-invitational v5.0|Homo sapiens|302nt CTCCGGACTCCAGAACTTTCCAAGCGGGGGAAACTTGGCGGCGGATTGTTCCTGCCTGATTCATAAACAT CGTGATTGGCTTTTGATTGCTGTCACGTCTAATGTGGCTGCTGCCTCGTGTCACATCTGAAACTCATCTG TACCCCACTTAGAAAGGTATTTGCATAGGAATCAGAGGAGTTAATCTTGTTTGAATCTTCAGACAAACTT CTGGGAGGACTCGGTCCCTGCCTCGCAGCAGATGTTCCCTGTCACTCAGTAGGCATATGGCTACCCATTC TCCCCAGAAATCTCACCAGTGT
Evidence : putative(CentroidFold)
Evidence Secondary Structure [putative(CentroidFold)]
Putative secondary structure predicted by CentroidFold(-g=4).
0 1 2 3 4 5 6 CUCCGGACUCCAGAACUUUCCAAGCGGGGGAAACUUGGCGGCGGAUUGUUCCUGCCUGAUUCAUAAACAU ...............(((((.(((.((((..........((((((....))).))).............. 7 8 9 0 1 2 3 CGUGAUUGGCUUUUGAUUGCUGUCACGUCUAAUGUGGCUGCUGCCUCGUGUCACAUCUGAAACUCAUCUG ((((((.(((........)))))))))....(((((((...........))))))).............. 4 5 6 7 8 9 0 UACCCCACUUAGAAAGGUAUUUGCAUAGGAAUCAGAGGAGUUAAUCUUGUUUGAAUCUUCAGACAAACUU ..)))).))).)))))..............................((((((((....))))))))..(( 1 2 3 4 5 6 7 CUGGGAGGACUCGGUCCCUGCCUCGCAGCAGAUGUUCCCUGUCACUCAGUAGGCAUAUGGCUACCCAUUC (((((((((...(((...((((((...((((.......))))......).))))).......)))..))) 8 9 0 UCCCCAGAAAUCUCACCAGUGU ).))))))).............
| Experiment | Method | Tissue | Read Number | PubMed |
|---|