2007-09-21 確率的サンプリングによるRNAの高次構造予測
SimulFold: simultaneously inferring RNA structures including pseudoknots, alignments, and trees using a Bayesian MCMC framework.
PLoS Comput Biol 2007;3:e149
本論文では，Bayesian MCMC により，与えられたRNA の共通二次構造(pseudoknot を含む)，マルチプルアラインメント，進化系統樹を同時に推定する手法SimulFold を提案する．
RNA Sampler: a new sampling based algorithm for common RNA secondary structure prediction and structural alignment.
Bioinformatics 2007;23:1883-91
本論文では，サンプリングに基づくRNA 共通二次構造予測の手法を提案する．本手法では，2 本のRNA 配列の共通二次構造を計算するために，各配列の塩基対確率行列と配列間のアライメント事後確率から計算されるconservation score に基づいてaligned stem をサンプリングする．さらに，本手法をconsistency-based method によりマルチプルアラインメントに拡張する．
Automated de novo prediction of native-like RNA tertiary structures.
Proc Natl Acad Sci U S A 2007;104:14664-9
本論文では，Rosetta [Bradley et al., 2005] と呼ばれる低解像度タンパク質立体構造予測法と同じようなアプローチによるRNA の立体構造予測法FARNA を提案する．この手法は，与えられたRNA 配列に対して，エネルギーが最
小になる立体構造を進化情報を使わずに探索する．長さが30 nt ほどの構造既知の配列20 本でベンチマークテストを行ったところ，本手法はWatson-Crick 塩基対の90 % 以上を再現することができた．これは，通常の二次構造予
測の精度に匹敵する．半数以上の配列では，上位5 個の予測結果のうち最低1 個は， backbone における正解構造との平均二乗誤差が4 Å 以下であった．さらに，non-Watson-Crick 塩基対の1/3 以上を再現することができた．