7種の酵母のRNAzによるゲノム比較解析から、「進化的に保存されたRNAの２次構造」の特徴が約2800領域で見つかった。
それらの領域のうち、74％は遺伝子や既知機能性RNAなどアノテーションの領域に重複していた。予測２次構造RNAを持つタンパク質コード領域の配列(CDS)は、共通の機能をもつ限られたグループに属しており、これらのRNAは転写後の制御や局在化に関わっている可能性が考えられる。
26％のアノテーションのない領域の多くは、UTRに重複し、それらは特定のクラスのタンパク質コード遺伝子のUTRであった。
さらに、多くの予測２次構造RNAはアンチセンス転写物と重複していた。また、120領域の予測構造RNAはプロモーター領域に属していたうえ、別のものでは、タイリングアレイやESTのデータにおいて、アノテーションのない遺伝子間領域の転写物と重複しているものもあった。
本研究の情報科学的な予測は、酵母においてかなり多くの重要なncRNAが存在していることを示唆している。

Rfamのnoncording RNAのアラインメントを利用して、特定のノンコーディング領域の正確性を評価した。Rfamのseed alignmentに含まれる全てのヒトの配列を利用して、UCSCゲノムブラウザから得たMULTIZ-17 vertebrate alignmentを調査した。特に、ヒトnoncording RNA elementに対して、chimericなアラインメントとpartialなアラインメントの例を638個見つけて、それらのうち少なくとも225個は簡単な方法で改善できた。