High-density yeast-tiling array reveals previously undiscovered introns and extensive regulation of meiotic splicing.
Knowing gene structure is vital to understanding gene function, and accurate genome annotation is essential for understanding cellular function. To this end, we have developed a genome-wide assay for mapping introns in Saccharomyces cerevisiae. Using high-density tiling arrays, we compared wild-type yeast to a mutant deficient for intron degradation. Our method identified 76% of the known introns, confirmed 18 previously predicted introns, and revealed 9 formerly undiscovered introns. Furthermore, we discovered that all 13 meiosis-specific intronic yeast genes undergo regulated splicing, which provides posttranscriptional regulation of the genes involved in yeast cell differentiation. Moreover, we found that approximately 16% of intronic genes in yeast are incompletely spliced during exponential growth in rich medium, which suggests that meiosis is not the only biological process regulated by splicing. Our tiling-array assay provides a snapshot of the spliced transcriptome in yeast. This robust methodology can be used to explore environmentally distinct splicing responses and should be readily adaptable to the study of other organisms, including humans.
Proc Natl Acad Sci U S A 2007;104:1522-7
野生型の酵母とイントロンの分解を抑制させた変異体の酵母における高密度タイリングアレイデータを比較した。この方法で既知のイントロンの76％を特定し、18個の以前に予測されていたイントロンを確認した。さらに9個の以前は発見されていなかったイントロンを発見した。
そのうえ、スプライシングが制御されている13個の減数分裂特異的なイントロニック遺伝子(i-gene)を発見した。そして、それらは酵母において、細胞の分類に関連する遺伝子の転写後の制御を意味するものである。さらに、イントロニック遺伝子の16％程度は、栄養のある培地(in rich media)(※注)における増殖ではスプライスが不完全であることを発見した。それらは、減数分裂において、スプライシングの制御が関係していることを示している。
