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2007-07-13 ISMB2007

by Michiaki Hamada last modified 2007-07-13 20:34

ISMB2007の論文の紹介。Proceedingはまだ出ていないがWebから入手可能な2本の論文を紹介する。


Nested Effects Models for High-Dimensional Phenotyping Screens

Wong LH, Brettingham-Moore KH, Chan L, Quach JM, Anderson MA, Northrop EL, Hannan R, Saffery R, Shaw ML, Williams E, Choo KH
ISMB 2007

遺伝子の表現型プロファイルから遺伝子の間の関係を予測したい.
本研究ではそのための新しいモデルNested Effects Model (NEM) を考案した.

Computational prediction of host-pathogen protein-protein interactions

Zhan M, Yamaza H, Sun Y, Sinclair J, Li H, Zou S
ISMB 2007

病原菌のPPIとそのホスト生物のPPIを利用して,病原菌-ホスト間のPPIを予測
したい.具体的に論文ではhumanと{\it Plasmodium falciparum}(熱帯性マラリア原虫)
\footnote{
以下厚生労働省のHPからの抜粋です:
マラリアは、熱帯・亜熱帯地域に広く分布する重要な感染症で世界100ケ国余りの国々で流行しています。WHO(The World Health Report)の推計では、全世界で1年間に3億~5億人の患者、150万人~270万人の死者があると報告されています。また、そのうちの90%はアフリカ熱帯地方であると報告されています。
感染を防ぐワクチンのような予防接種はなく、感染しても発病しないための予防内服薬が何種類かありますが、薬剤に耐性のあるマラリア(耐性マラリア)の存在が大きな問題となっており、予防薬の服用に際しては現地のマラリア汚染状況などによって決める必要があります。
}
の間のPPIを予測している.


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