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  • 2008年度 ジャーナルクラブ
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    • ICML2008
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    • metabolic engineering, AluRNA
    • 最近のPLoS Computational Biologyから
    • アーキテクチャの特徴を考慮したsmith-watermanの実装
    • 転写開始点の予測手法
  • 2007年度 ジャーナルクラブ
    • X-linked microRNA 他
    • 頻出パターンマイニングとバイオインフォマティクスへの応用
    • バイオインフォ関連
    • タイリングアレイからの霊長類特有ncRNAの抽出
    • non-coding sequenceに着目だ！
    • ヒトゲノムのコピー数多型(CNV)
    • Affymetrix Whole Human Genome Tilign Array によるRNA転写産物の網羅的解析
    • biomedical text mining とその応用
    • Disorder 関連
    • 最近の論文
    • ISMB2007
    • 出芽酵母のタイリングアレイ解析
    • 祖先脊椎動物ゲノムの再構成とゲノム進化
    • ISMB2007からカーネル関連論文を紹介．
    • PLoS Comp Bio 2007/7-8 から
    • In vivo dynamics of RNA polymerase II transcription
    • 確率的サンプリングによるRNAの高次構造予測
    • CMfinderとMax Margin学習の応用論文
    • タンパク質のドメイン、及び相互作用関連の論文
    • The infinite markov model.
    • 画像中の人検出．
    • Altered A-to-I editing in human cancer（RNA editingの背景と共に紹介する）
    • 酵母に存在する２次構造を持つRNA、non-cording領域のアラインメントの正確性の評価
    • Genome Research Drosophila special issue
    • Computational Analysis of Mouse piRNA Sequence and Biogenesis
    • Structural Search and Retrieval using a Tableau Representation of Protein Folding Patterns
    • Deep Belief Nets
    • A Genomewide Search for Ribozymes Reveals an HDV-Like Sequence in the Human CPEB3 Gene and other two papers
    • 高次元離散空間におけるセントロイド推定と生物における応用
    • Clustering microarray gene expression data using weighted Chinese restaurant process
  • 2006年度 旧数理チーム　目次紹介
    • ウニゲノム
    • 任意の光源からつくられる画像の集合の解明
    • synonymous substitution rate predict HIV disease
    • RNA構造アラインメント、RNAステムループ、構造にもとづくncRNAクラスタリング
    • グリカンの分類、タンパク相互作用
    • nagasaki;アラビドプシスとヒト(HOXクラスタ)のinverted repeatのmicroRNAについて
    • SVMを用いてmiRNAのターゲット遺伝子を予測するツールmiTarget
    • 出芽酵母のcDNA解析
    • 極限環境細菌のmultigene mRNA1のncRNA, ProDA (Protein Domain Aligner),データマイニング
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