2007-05-18 タイリングアレイからの霊長類特有ncRNAの抽出
以下の論文の紹介をします。
Comparative analysis of genome tiling array data reveals many novel primate-specific functional RNAs in human.
BMC Evol Biol 2007;7 Suppl 1:S14
高解像度のタイリングアレイ実験によって、既知のタンパク質コーディング遺伝子やRNA遺伝子以外にたくさんの新規な転写物が示された。”TARs”( Transcriptionary Active Regions)と呼ばれる新規の転写領域はゲノム内の”dark matter”であり、これらの多くは新規のタンパク質コード領域か、ncRNAであると考えられている。これらのTARsから配列保存性と安定な二次構造形成確率を用いて、300近い霊長類特有のncRNA候補を見つけた。これまでの比較ゲノムでは、ヒトとげっ歯類(rodents)の比較に力を入れすぎていて、霊長類特有の機能性転写物はあまりでなかった。ヒトゲノムをより理解するためには、他の霊長類種の配列を加えることが必須である。