[1] Characterization of Protein Hubs by Inferring Interacting Motifs from Protein Interactions

ハブタンパク質における相互作用モチーフを発見する手法（同様のインターフェースを持つタンパク質をグループ化する手法？？）を開発した。Yeastのハブ（相互作用の数が多いタンパク質）で実験をした結果、複数のモチーフを持つハブは、一つか二つしかモチーフを持たないハブよりも細胞の生存に重要(essentiality for cell survival)であることがわかった。また、多くのモチーフを持つハブは他のタンパク質よりも進化速度が遅いこと、一つか二つしかモチーフを持たないハブの進化速度が速くはないことが分かった。

[2] Detecting Coevolution in and among Protein Domains

Augmented continuous-time Markov process(CTMP) によって、配列の共進化をモデル化することを試みた。提案モデルはパラメータを一つ増やすだけで、異なるタイプの相互作用やphylogenetic情報と配列の置換を扱うことができる。また、相互作用のルールに関する知見も必要ない。Pfamに対して、提案モデルを適用した結果、共進化していると推定されたドメインのほとんどが、機能的に関係があることがわかった。また、共進化していると推定された残基が空間的に対になっていることが分かった。また、共進化している位置の多くが、タンパク間やタンパク核酸間の機能的に重要な位置と一致していることも分かった。この結果から、配列の共進化がタンパク質において機能的にも構造的にも制約されていることが分かる。配列の共進化と進化的な制約についての関係を深く探ってみるのは価値がある。

[1]      Aragues R, Sali A, Bonet J, Marti-Renom M, Oliva B (2007) Characterization of Protein Hubs by Inferring Interacting Motifs from Protein Interactions, PLoS Computational Biology, e178.eor doi:10.1371/journal.pcbi.0030178.eor

[2]      Yeang CH, Haussler D (2007) Detecting the Coevolution in and among Protein Domains PLoS Computational Biology, e211.eor doi:10.1371/journal.pcbi.0030211.eor